небольшая проблема с использованием класса сборки в c#.net

Да, Assembly.GetManifestStream лучше всего сочетается с BinaryReader и BinaryWriter. А именно:

// assembly is Assembly containing the resource
// path is string containing path to write to
Stream source = assembly.GetManifestResourceStream("Namespace.filename.mdb");
BinaryReader br = new BinaryReader(source);
BinaryWriter bw = new BinaryWriter(path, FileMode.Create);
byte[] buffer = new byte[256];
int count = 0;
while((count = br.Read(buffer, 0, 256)) > 0) {
    bw.Write(buffer, 0, count);
}

Очевидно, что все эти IDisposable должны быть заключены в блок using.

Почему вы не можете просто использовать копию на уровне файлов? Не уверен, почему вы хотите сделать это с потоком. Просто найдите путь к файлу mdb и

File.Copy(path1,path2);