Как я могу полностью заменить один из узлов новыми данными в файле фрагмента XML?

См. Следующее:

using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Linq;
using System.Text;
using System.Xml;
using System.Xml.Linq;
using System.IO;


namespace ConsoleApplication1
{
    class Program
    {
        const string FILENAME = @"c:\temp\test.xml";
        static void Main(string[] args)
        {
            string xml = File.ReadAllText(FILENAME);
            XElement doc = new XElement("Root");
            doc.Add(XElement.Parse(xml));

            XElement dirProfiles = doc.Descendants("DirProfiles").FirstOrDefault();

            XElement profileInfo = dirProfiles.Element("ProfileInfo");
            profileInfo.SetAttributeValue("ProfileName", "Control1");
            profileInfo.SetAttributeValue("JobPath", @"D:\Client1\JobsA");
            profileInfo.SetAttributeValue("DatabasePath", @"D:\Database\Control1");

        }
    }
}

Вы можете проанализировать XML-данные в модели класса C # и после этого изменить данные в соответствии с требованиями. После изменений вы можете снова преобразовать объект модели в XML и переписать строку XML в том же файле.

Перейдите по этой ссылке для создания структуры класса по доступному XML: https://www.c-sharpcorner.com/blogs/convert-xml-json-file-to-c-sharp-class

И использовать этот код для преобразования Xml в объект класса C #

public static T ConvertXmlToObject<T>(String xml)
    {
        T result = default(T);

        try
        {
            using (TextReader reader = new StringReader(xml))
            {
                try
                {
                    result =
                        (T)new XmlSerializer(typeof(T)).Deserialize(reader);
                }
                catch (InvalidOperationException)
                {
                    // Throw message for invalid XML
                }
            }
        }
        catch (Exception ex)
        {
        }

        return result;
    }

Вызовите функцию как:

var entity = ConvertXmlToObject<ModelClass>(XMLString);

Используйте этот код, чтобы снова преобразовать объект в XML

public static string ConvertObjectToXML<T>(T ModelClass)
        {
            XmlSerializer xsObject = new XmlSerializer(typeof(T));
            var inputObject = ModelClass;
            var xmlString = "";

            using (var sw = new StringWriter())
            {
                using (XmlWriter writer = XmlWriter.Create(sw))
                {
                    xsObject.Serialize(writer, inputObject);
                    xmlString = sw.ToString();
                }
            }

            return xmlString;
        }

Вызовите эту функцию как:

string xmlString = ConvertObjectToXML<ModelClass>(ModelClassObject);