Как вставить узел из структуры B в структуру A (бинарные деревья)

Поскольку у вас есть указатель типа struct population внутри struct species, это делается следующим образом:

return_type some_function(int sid_argument)      //dummy function where the data which is to be matched with sid is passed & population node is then inserted to that species NODE
{
     struct species *ptr =NULL;
     ptr = traverse(species_tree_root,sid_argument);  //if sid is found then traverse returns a pointer to that node in that species tree else returns NULL

     if(ptr)
     {
         struct population *population_ptr=malloc(sizeof(*population_ptr));
         if(population_ptr)
             ptr->population_root = population_ptr;
         else
             exit(1);
     }
 }

Что делает ваш код:

pop->parent=spe->population_root; 
spe->population_root=pop;

Поскольку НОВЫЙ узел популяции должен быть добавлен, если sid найден в species, можно с уверенностью предположить, что это другое дерево типа population требуется создать внутри ЭТОГО struct species node - так что это INSERTion, который требуется в этом spe->population_root - но скажите, что (spe->population_root) не указывает на какую-либо действительную память в это время, а затем назначается pop->parent тогда он создает и ошибка - лучше присвоить ему какое-то допустимое значение (изменив порядок последних двух операторов).

Пожалуйста, измените порядок вышеупомянутых утверждений, проверьте правильность pop, а затем уточните, что вы подразумеваете под не работает - я предположил несколько вещей, поскольку вопрос не очень ясен.