TypeError: индексы списка должны быть целыми числами или слайсами, а не кортежем при выполнении некоторых вычислений во вложенном списке

Неправильная часть в вашем коде for element in enumerate(students_pclist) внутри вашего списка: перечислить () возвращает кортеж в каждом цикле итерации. Так что вы должны были написать что-то вроде for element,i in enumerate(students_pclist). Это исправляет вашу ошибку, но не дает ожидаемого ответа.

Вот предложение полного исправления, основанного на вашем коде:

myListOfLists = [['Amy',2,3,4], ['Jack',3,4,None]]

def compute_mean_pc():
    students_pclist=[['Amy',2,3,4],['Jack',3,4,None]]
    mean_pc=[ [countMean(student[1:])] +[student[0]] for student in students_pclist]
    print(mean_pc)


def countMean(array):
    count=0
    sumup=0
    for i in range(len(array)):
        if array[i]!=None:
            count+=1
            sumup+=array[i]
    mean=sumup/count
    return mean

compute_mean_pc()
#  [[3.0, 'Amy'], [3.5, 'Jack']]

И, наконец, я предлагаю вам код, который является более эффективным и все еще читаемым, используя старый добрый цикл for:

myList = [['Amy',2,3,4], ['Jack',3,4,None]]

def compute_mean_pc(myList):
    result = []
    for name, *values in myList:            # iterate over each sub-list getting name and next values
        values = list(filter(None,values))             # Remove any 'None' from the values 
        result.append([name, sum(values)/len(values)]) # Append a list [name,mean(values)] to the result list
    return result

result = compute_mean_pc(myList)

print(result) # [['Amy', 3.0], ['Jack', 3.5]]