У меня есть массив 2D numpy, который я преобразовал в R matrix, и теперь мне нужно преобразовать его в named list:

rpy2.robjects.numpy2ri.activate()
nr,nc = counts.shape
r_mtx = robjects.r.matrix(counts, nrow=nr, ncol=nc)

Итак, у меня есть матрица r_mtx, но я не уверен, как сделать из нее именованный список, аналогичный тому, как мы это делаем в R:

 named_list <- list(counts=mtx)

Мне нужно передать его в объект SingleCellExperiment для нормализации набора данных:

https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/scran/inst/doc/scran.html

Я пробовал использовать rpy2.rlike.container и TaggedList, и OrdDict, но не могу понять, как применить их в моем случае.

1
Nikita Vlasenko 12 Сен 2018 в 00:15

1 ответ

Лучший ответ

В конечном итоге я решил это (избегая преобразования массива numpy в матрицу r), прямо сделав именованный список из массива numpy:

named_list = robjects.r.list(counts=counts)

Где counts - массив 2D numpy

0
Nikita Vlasenko 12 Сен 2018 в 19:51