Как добавить число в конец каждой строки столбцов неравной длины кадра данных в r

Прежде всего, чтобы преобразовать список векторов неравной длины в data.frame, заполнение векторов NA вашим кодом неправильно, этот лучше.

x <- 1:12 
y <- 1:10 
z <- 1:8 
df <- list(x = x, y = y, z = z) 

n <- max(sapply(df, length))

df <- lapply(df, function(x){
  c(x, rep(NA, n - length(x)))
})
df <- do.call(cbind.data.frame, df)

Следующий код заменит первый NA в каждой строке значением 3.
Он просматривает строки, используя apply, и изменяет строки как минимум с одним значением NA.

df[] <- t(apply(df, 1, function(x){
  if(anyNA(x)){
    i <- min(which(is.na(x)))
    x[i] <- 3
  }
  x
}))

df
#    x  y  z
#1   1  1  1
#2   2  2  2
#3   3  3  3
#4   4  4  4
#5   5  5  5
#6   6  6  6
#7   7  7  7
#8   8  8  8
#9   9  9  3
#10 10 10  3
#11 11  3 NA
#12 12  3 NA