У меня есть набор данных, содержащий данные об экспрессии генов для различных генов в 24 различных образцах. В моем текущем фрейме данных каждая строка - это ген, а каждый столбец - это образец.

Я хочу создать точечный график, где каждая точка представляет собой ген, ось Y представляет экспрессию этого гена в образце A, а ось X представляет экспрессию того же гена в образце B.

Я пытался найти это, но не знаю, как называется такой сюжет и как его найти. Большинство других моих графиков построено с помощью ggplot2, но не имеет значения, какой пакет используется для решения проблемы.

Пример данных:

sample_A<-c(2,3,1)
sample_B<-c(-1,4,-3)
genes <- c("gene1","gene2","gene3")
df<-data.frame(sample_A,sample_B,row.names = genes)

Фрейм данных:

      sample_A sample_B
gene1        2       -1
gene2        3        4
gene3        1       -3
r
0
arvchi 15 Янв 2018 в 17:19

1 ответ

Лучший ответ

geom_point с ggplot2, вероятно, то, что вы ищете. Точки также можно пометить с помощью geom_label.

require(ggplot2)
p <- ggplot(df, aes(x = sample_B, y = sample_A))+
  geom_point()+
  geom_label(aes(label = rownames(df)))
0
Com 15 Янв 2018 в 15:15