Найти один и тот же шаблон в двух файлах Python

Я бы предложил использовать Pandas DataFrames, которые действительно полезны в Для обработки больших данных.

Мой подход следующий:

#!/usr/bin/env python3
# coding: utf-8

import pandas as pd

# read both input files
df1 = pd.read_csv('file1.csv', delim_whitespace=True, names=['A', 'B'], index_col=0)
df2 = pd.read_csv('file2.csv', delim_whitespace=True, names=['C'], index_col=0)

# concat the DataFrames read generated from the read data on same index
df3 = pd.concat([df1, df2], axis=1)

# print all DataFrames in order to double-check
print(df1)
print(df2)
print(df3)

# write concated DataFrame to output.csv
df3.to_csv('output.csv', header=False, sep='\t')

Этот фрагмент будет использовать два входных файла и создать выходной файл следующим образом:

Output.csv:

contig-316000330            out.18
contig-39000000 1211.0  11.3902 out.25
contig-44000000 6128.0  17.8944 
contig-91000000 2180.0  14.2197 

File1.csv (входной файл):

contig-39000000 1211    11.3902
contig-44000000 6128    17.8944
contig-91000000 2180    14.2197

File2.csv (входной файл):

contig-316000330    out.18
contig-39000000 out.25

Один из способов сделать это - поместить первые два файла в словари. Затем мы можем просмотреть поисковый документ и посмотреть, является ли запись ключом в нашем первом словаре. Если это так, мы извлекаем значение (исходную строку) и ищем его во второй. Если оно также находится во втором, мы добавляем значение к нашему тексту и затем записываем его в файл.

first_dict = {line.split()[0]: line for line in first_file}
second_dict = {line.split()[0]: line.split()[1] for line in second_file}

for search in search_file:
    if search in first_dict:
        out_text = first_dict[search]

        if search in second_dict:
            out_text = out_text + "\t" + second_dict[search]

        new_file.write(out_text)