Быстрая замена начала строки в файле

Я удалил самые горячие пути из вашего кода, удалив разделение и используя больший буфер в FileStream.

Вместо Split я теперь вызываю ToCharArray а затем проанализируйте первые символы в первом пробеле, и пока я нахожусь на нем, выполняется сопоставление с classValue на основе char. Логическое значение found указывает точное совпадение с чем-либо до первого пробела. В остальном обработка такая же.

var fsw = new FileStream(classFilePath,
    FileMode.Create,
    FileAccess.Write,
    FileShare.None,
    64*1024*1024); // use a large buffer
using (var file = new StreamWriter(fsw)) // use the filestream
{
    foreach(var line in fileLines) // for( int i = 0;i < fileLines.Length;i++)
    {
        char[] chars = line.ToCharArray();
        int matched = 0;
        int parsePos = -1;
        bool takeClass = true;
        bool found = false;
        bool space = false;
        // parse until space
        while (parsePos<chars.Length && !space )
        {
            parsePos++;
            space = chars[parsePos] == ' '; // end
            // tokens
            if (chars[parsePos] == ' ' ||
                chars[parsePos] == ',')
            {
                if (takeClass 
                    && matched == classValue.Length)
                {
                    found = true;
                    takeClass = false;
                }
                else
                {
                    // reset matching
                    takeClass = true;
                    matched = 0;
                }
            }
            else
            {
                if (takeClass 
                    &&  matched < classValue.Length 
                    && chars[parsePos] == classValue[matched])
                {
                    matched++; // on the next iteration, match next
                }
                else
                {
                    takeClass = false; // no match!
                }    
            }
        }

        chars[parsePos - 1] = '1'; // replace 1 in front of space
        var correction = 1;
        if (parsePos > 1)
        {
            // is classValue before the comma (or before space)
            if (found)
            {
                chars[parsePos - 2] = '+';
            }
            else
            {
                chars[parsePos - 2] = '-';
            }
            correction++;
        }
        else
        {
            // is classValue before the comma (or before space)
            if (found)
            {
                // not enough space in the array, write a single char
                file.Write('+');
            }
            else
            {
                file.Write('-');
            }
        }
        file.WriteLine(chars, parsePos - correction, chars.Length - (parsePos - correction));
    }
}