почему значение переменной не доступно вне цикла

Он не определен, потому что находится вне функции обратного вызова для con.query. Здесь происходит то, что ваш код не будет ждать завершения обратного вызова, поэтому, когда он достигнет строки con.query(sql, function (err, rows, fields) {, он перейдет к console.log("point0= ", point[0], "polygon0 = ", polygon[0], пока оценивается блок обратного вызова. Есть несколько способов обойти это. Вот одно исправление, которое реализует Обещание.

const sqlQuery = (query) => {
    return new Promise((resolve, reject) => {
        con.query(query, function (err, rows, fields) {
            if (err) return reject(err);
            return resolve (rows);
        });
    });
};

const polygon = [-89.72,34.27,-89.46,34.53,-89.44,34.53,-89.43,34.52];
let point = [];

con.connect(function (err) {
   sqlQuery('select customer_num, latitude,longitude from gc.customers')
        .then(results => {
            for (let i = 0; i < results.length; i++) {
                //note: this is probably not the best logic
                point[0] = results[i].latitude;
                point[1] = results[i].longitude;
            }
            const shape = require("point-in-polygon")(point, polygon);
            //do stuff with, or return, shape
        })
        .catch(err => {
            //handle error
        });
});

Обратите внимание, что циклический просмотр результатов, но присвоение значений point[0] и point[1] означает, что если у вас есть несколько результатов, будет установлена только последняя пара. В зависимости от того, что вы ожидаете здесь, есть лучшие способы структурировать эту часть.

Ключевое изменение, которое я сделал здесь, - я обернул запрос Обещанием. Это позволяет нам определить, где именно решить или отклонить логику в обещании. Когда обещание возвращается, вы можете await выполнить его с помощью async/await или вы можете использовать Promise.prototype.then() для ожидания возвращенного значения.