Еще один, на который я не могу найти ответа, и такое ощущение, что я сошел с ума.
У меня есть сценарий BASH, использующий цикл for для выполнения сложной команды (много выравниваний последовательностей белков) для большого количества файлов (~ 5000). Цикл создает операторы, которые будут выполняться, если заданы отдельно (т. Е. Скопированы из сообщения об ошибке в командную строку), но которые возвращают «нет такого файла или каталога» внутри цикла. Скрипт ниже; на самом деле есть еще несколько аргументов, но это включает некоторые типичные аргументы и аргументы файла. 

  #! / bin / bash

# Передать каталог с целями в виде последовательностей FASTA в качестве аргумента. # Аргументы к psiblast # Обычный db = local / db / nr / nr outfile = "/ mnt / scratch / psi-blast" e = 0.001 thread = 8 itnum = 5 pssm = "/ mnt / scratch / psi-blast / pssm. " pssm_txt = "/ mnt / scratch / psi-blast / pssm." псевдо = 0 pwa_inclusion = 0,002

Для i в $ {1} / * do filename = $ (basename $ i) "local / ncbi-blast-2.2.23 + / bin / psiblast \ -query $ {i} \ -db $ db \ -out $ { outfile} / $ {filename} .out \ -evalue $ e \ -num_threads $ themes \ -num_iterations $ itnum \ -out_pssm $ {pssm} $ filename \ -out_ascii_pssm $ {pssm_txt} $ {filename} .txt \ -pseudocount $ псевдо \ -inclusion_ethresh $ pwa_inclusion "выполнено

Выполнение этих сценариев дает " line <последняя строка перед 'done'>: <запрошенная команда>: нет такого файла или каталога. Если я затем вставлю предпринятую команду в приглашение, она запустится.
Выполнение каждой из этих команд занимает несколько минут.

bash string file for-loop iteration
1
reve_etrange 25 Мар 2010 в 13:08

3 ответа

Лучший ответ

Попробуйте без кавычек. и ты забыл некоторые косые черты.

for i in ${1}/*
do
filename=$(basename $i)
local/ncbi-blast-2.2.23+/bin/psiblast \
 -query "${i}" \
 -db "$db" \
 -out "${outfile}/${filename}.out" \
 -evalue "$e" \
 -num_threads "$threads" \
 -num_iterations "$itnum" \
 -out_pssm "${pssm}/$filename" \
 -out_ascii_pssm "${pssm_txt}/${filename}.txt" \
 -pseudocount "$pseudo" \
 -inclusion_ethresh "$pwa_inclusion"
done
2
ghostdog74 25 Мар 2010 в 13:15
Косые черты здесь не должны быть, переменные дают абсолютный путь плюс общий суффикс имени файла.
 – 
reve_etrange
25 Мар 2010 в 13:26

Наблюдаемое вами поведение произойдет, если в именах файлов, которые вы повторяете, есть пробелы. По этой причине вам нужно правильно цитировать имена файлов, как в следующем минимальном примере:

#!/bin/bash
for i in *
do
  filename="$(basename "$i")"
  command="ls -lah '$filename'"
  echo "filename=$filename"
  echo "Command = $command"
  eval "$command"
done
0
RTBarnard 25 Мар 2010 в 13:19
Ни в одном из моих имен файлов нет пробелов. Добавление кавычек в любом случае не помогает.
 – 
reve_etrange
25 Мар 2010 в 13:23

Добавление кавычек к именам файлов не поможет при использовании цикла for. Чтобы преодолеть это, я всегда делал что-то похожее на следующий пример, когда мне нужно было перебирать имена файлов:

ls -1 directory | { while read line; do echo $line; done; }
0
musashiXXX 29 Мар 2010 в 20:04

Похожие вопросы

9 Как мне написать цикл for в Bash?
30 Как дождаться завершения в bash нескольких подпроцессов и возврата кода завершения! = 0, когда любой подпроцесс заканчивается кодом! = 0?
14 Синтаксис однострочного цикла while в Bash
21 Как создать файл в памяти для загрузки пользователем, но не через сервер?
6 BASH: Итерация двух переменных в цикле for
15 Как выполнить цикл for для каждого символа в строке в Bash?
2 Bash Scripting: попытка найти файлы с использованием подстановочного знака ls
3 цикл bash для выполнения команды только в последнем файле
💵 Получи $100 на хостинг на 60 дней.
Регистрируйся!

Новые вопросы

2 Завершить фоновый процесс после завершения следующего процесса
2 Как удалить все, что заключено в : из текста?
2 Как остановить колбу в bash
2 Как вы назначаете массив внутри Dockerfile?
1 awk не получает правильный результат сравнения с данными bash
2 Как эффективно вызвать функцию bash для другой в программе
2 Добавление содержимого файла к переменной String в цикле в файле bash не работает
2 Как удалить строку между двумя символами и перед первым вхождением с помощью sed
2 awk для фильтрации строк, где хотя бы два столбца имеют минимальное значение?
2 Как сохранить каждое вхождение многострочной строки в массив с помощью регулярного выражения bash
Все вопросы по теме bash >

bash

Для вопросов о скриптах, написанных для командной оболочки Bash. Для сценариев оболочки с ошибками / синтаксическими ошибками, пожалуйста, проверьте их с помощью программы shellcheck (или на сервере веб-проверки оболочки по адресу https://shellcheck.net) перед размещением здесь. Вопросы об интерактивном использовании Bash, скорее всего, будут касаться темы Super User, а не переполнения стека.

Подробнее про bash...