Манипулирование элементами на странице с помощью JavaScript

Да, можно нажать кнопку, которая была динамически создана на странице, если создание кнопки предшествует вашему сценарию.

Например, кнопка, созданная так:

var button = document.createElement('button');
button.innerHTML = 'newButton';
button.id = 'buttonId';
document.querySelector('body').appendChild(button);
button.addEventListener('click', function(e){
    alert('Button clicked');
});

Вы можете получить доступ к вашему сценарию с помощью этого кода:

document.querySelector('#buttonId').click();

Если я правильно понял вопрос, то кнопка изначально отсутствует в разметке HTML, но добавлена ли в разметку с помощью javascript? В этом случае вам нужно написать свой скрипт, который будет выполняться после добавления кнопки, и все будет работать.