Суммируйте совокупное значение в заявлении Select Case

Я только что отформатировал ваш SQL - чтобы он был более читабельным для людей - и поместил его в Subselect.
Во внешнем Select я просто добавил СУММ двух вычисляемых столбцов.

SELECT sums.*
      ,SUM(sums.DEC16 + sums.JAN17) AS TOTAL_SUM
  FROM (     
            SELECT SUM( CASE WHEN dbo.bill_t_ARTransaction.TransactionDate 
                                  BETWEEN '2000-01-01' 
                                      AND '2016-12-31' 
                             THEN dbo.bill_t_ARTransaction.Amount 
                             ELSE 0 
                        END
                       ) AS DEC16
                   ,SUM( CASE WHEN dbo.bill_t_ARTransaction.TransactionDate 
                                   BETWEEN '2000-01-01' 
                                       AND '2017-01-31' 
                              THEN dbo.bill_t_ARTransaction.Amount 
                              ELSE 0 
                         END
                       ) AS JAN17
             FROM dbo.bill_t_ARTransaction
            INNER JOIN dbo.bill_t_TripTicket 
               ON dbo.bill_t_ARTransaction.RunNumber = dbo.bill_t_TripTicket.RunNumber
            INNER JOIN dbo.med_m_Company     
               ON dbo.bill_t_TripTicket.CompanyCode  = dbo.med_m_Company.CompanyCode
            WHERE dbo.bill_t_TripTicket.CompanyCode        = '105'
              AND dbo.bill_t_ARTransaction.TransactionDate BETWEEN '2000-01-01' AND '2017-01-31'
            GROUP BY dbo.bill_t_ARTransaction.TransactionDate
        ) sums

Думаю, вы просто хотите получить право на GROUP BY:

SELECT SUM(CASE WHEN ba.TransactionDate BETWEEN '2000-01-01' AND '2016-12-31'
               THEN ba.Amount ELSE 0
           END) AS Dec16,
       SUM(CASE WHEN ba.TransactionDate BETWEEN '2000-01-01' AND '2017-01-31'
                THEN ba.Amount ELSE 0
            END) AS JAN17
FROM dbo.bill_t_ARTransaction ba INNER JOIN
     dbo.bill_t_TripTicket bt
     ON ba.RunNumber = bt.RunNumber INNER JOIN
     dbo.med_m_Company c
     ON bt.CompanyCode = c.CompanyCode
WHERE bt.CompanyCode = '105' AND
      ba.TransactionDate BETWEEN '2000-01-01' AND '2017-01-31';

Обратите внимание на другие изменения, которые я внес в запрос:

• Я удалил одинарные кавычки из псевдонимов столбцов. Одиночные кавычки следует использовать только для значений строки и даты (использование их для псевдонимов столбцов разрешено, но может вызвать путаницу).
• Таблицам даны псевдонимы.
• Имена столбцов дополняются псевдонимами (запрос легче писать и читать.
• Обратите внимание, что '105' не должно иметь кавычек, если CompanyCode является числовым.

Я думаю, что запрос можно упростить до:

SELECT SUM(CASE WHEN ba.TransactionDate BETWEEN '2000-01-01' AND '2016-12-31'
               THEN ba.Amount ELSE 0
           END) AS Dec16,
       SUM(CASE WHEN ba.TransactionDate BETWEEN '2000-01-01' AND '2017-01-31'
                THEN ba.Amount ELSE 0
            END) AS JAN17
FROM dbo.bill_t_ARTransaction ba INNER JOIN
     dbo.bill_t_TripTicket bt
     ON ba.RunNumber = bt.RunNumber 
WHERE bt.CompanyCode = 105 AND
      ba.TransactionDate BETWEEN '2000-01-01' AND '2017-01-31';

Таблица Company не используется.

Ты можешь это сделать:

SELECT  DATENAME(MONTH, Transaction.TransactionDate) + RIGHT(YEAR(Transaction.TransactionDate), 2) AS MonthYear
,       SUM(Transaction.Amount) AS Amount
FROM    dbo.bill_t_ARTransaction Transaction
INNER JOIN dbo.bill_t_TripTicket Ticket
    ON Transaction.RunNumber = Ticket.RunNumber 
INNER JOIN dbo.med_m_Company Company
    ON Ticket.CompanyCode = Company.CompanyCode 
WHERE   Ticket.CompanyCode = '105'
        AND Transaction.TransactionDate >= '2000-01-01' 
        AND Transaction.TransactionDate < '2017-02-01'
GROUP BY DATENAME(MONTH, Transaction.TransactionDate) + RIGHT(YEAR(Transaction.TransactionDate), 2)

Предполагая, что dbo.bill_t_ARTransaction.TransactionDate - это datetime(2): знаете ли вы, что в 'DEC16' вам не хватает транзакции (например) из 2016-12-31 11:00:00? BETWEEN включается с обеих сторон, а даты по умолчанию равны полуночи (00:00:00), если компонент времени не определен. Я соответствующим образом изменил пункт WHERE. Я также добавил псевдонимы, чтобы облегчить чтение.